Trình tự sắp xếp trong Võ kinh thất thư được xác lập bởi Tư nghiệp Quốc Tử giám Chu Phục trong quá trình hiệu đính tập sách. Các cuốn binh thư được sắp xếp theo trình tự như sau:

1. Binh pháp Tôn Tử
2. Binh pháp Ngô Tử
3. Tư Mã pháp
4. Lý Vệ Công vấn đối
5. Úy Liễu Tử
6. Tam lược
7. Lục thao

Đến thời Nam Tống, trật tự trên bắt đầu bị xáo trộn. Trong bản Vũ kinh thất thư in dưới thời Tống Hiếu Tông, trật tự trên bị đổi thành:

1. Binh pháp Tôn Tử
2. Binh pháp Ngô Tử
3. Tư Mã pháp
4. Lục thao
5. Úy Liễu Tử
6. Tam lược
7. Lý Vệ Công vấn đối

Bản in Võ kinh thất thư sớm nhất còn tồn tại đến ngày nay, hiện được lưu trữ tại thư viện Seikado (Tĩnh Gia đường văn khố) tại Nhật Bản là bản in dưới thời Tống Hiếu Tông-Tống Quang Tông thuộc Nam Tống, lại đặt Lục thao lên trước Binh pháp Tôn Tử. Đến đời nhà Thanh, trong bản Võ kinh trực giải, Lưu Dần lại khôi phục lại trật tự của Chu Phục, đặt binh thư của Tôn, Ngô lên đầu và trả Lục thao xuống cuối cùng. Về sau, tuy vẫn xuất hiện nhiều thay đổi trong trật tự sắp xếp, nhưng vị tri đứng đầu của Binh pháp Tôn Tử và Binh pháp Ngô Tử cơ bản không hề thay đổi, chỉ có những tác phẩm binh thư xếp sau có sự hoán đổi vị trí mà thôi.[4]